Kigali fut fondée en 1907 pendant la colonisation allemande par Richard Kandt, à l'époque où la capitale traditionnelle du Rwanda était le siège du Mwami (roi) à Nyanza, alors que le centre colonial était à Butare, alors appelé Astrida. En 1962, au moment de la décolonisation, Kigali fut préférée à Butare comme capitale, grâce à sa position centrale. Depuis, la ville s'est rapidement agrandie et est maintenant devenue le centre politique, économique et culturel du pays.

Le 6 avril 1994, Kigali fut le théâtre de l'attentat contre l'avion du président Juvénal Habyarimana, qui fut l'événement déclencheur du génocide rwandais, lequel, depuis Kigali 300 000 personnes sont mortes à la suite du génocide contre les Tutsi et les Hutus modérés qui a tué 800 000 personnes. Depuis la mort de 300.000 personnes dans la capitale, la majorité de la capitale est constituée de personnes âgées de moins de 50 ans.

Après 1994, de très nombreux Rwandais revenus d'exil, en particulier des tutsis ou des anciens opposants hutus au régime du Mouvement révolutionnaire national pour le développement (MRND) s'y sont installés. Beaucoup de nouveaux bâtiments ont été construits ou sont en construction : des hôtels, des banques, des bâtiments publics. Certains chantiers comme le Convention Center ont accusé du retard à cause du ralentissement économique. Mais cela n'a pas empêché la ville de changer totalement de physionomie. La prison de 1930 reste l'un des rares vestiges des époques précédentes. Le centre de la ville est l'un des premiers en Afrique a être devenu piéton, suite à la volonté des autorités de stopper le trafic routier.